MES系统与ERP系统是企业信息管理系统中重要的组成部分，二者看似有着非常相似的地方，但在管理目标、管理功能、管理范围、管控周期、实现方式和工作方式上存在着差异，具体如下：
1.ERP系统的重点在于财务，重点从对财务的管理角度进行出发来对制造企业的资源和人力进行管控。MES系统的重点主要在于对制造企业的生产，主要以保证产品质量、准时的交货、设备利用、流程的控制等环节作为财务管理的重点和目标。
2.ERP系统在制造流程调度管理方面的功能主要表现就是及时编制生产调度计划，收集生产数据。MES系统除了进一步细化生产计划和及时收集生产数据外，还有对现场生产工艺流程控制和现场调度的工艺流程管理的功能。
3.ERP主要使用生产人员的两种方法来填写表格和转移表格。同时，订单管理和制造完成任务通过填写表格来执行。还传递现场订单和制造数据。填写表格以完成数据收集。因此，MES系统可以大大减少大量的数据输入和工作量，减少错误，大大提高效率。
4.ERP的实时表单管理方式不可避免的至少有一个实时录入的工作周期，因为在上级生产计划和调度上至少会有两个实时录入周期的工作滞后，对于管理岗位制造现场工作周期短的中小型生产单位来说可能会对其造成很大的影响。MES系统现场的实时管理，现场的上级对生产计划和对生产调度信息能实时反映在管理岗位制造现场的监督作业管理界面，使得及时的调度工作成为了可能。
5.ERP的现场管理方式，是将一个制造现场和一个生产计划管理部门的接口通过信息现场管理系统来进行连接。但是使用MES系统后，工作现场的生产管理指令下达和生产现场数据的收集都实际上是通过现场信息系统来直接实现的。
